En 1991, des personnes désirant garder un lien plus étroit avec le monastère se regroupent en une Fraternité. Elles partagent le double enracinement du monastère, carmélitain et oecuménique, selon leur état de vie, là où elles se trouvent. La Fraternité Saint-Élie, interconfessionnelle, compte aujourd'hui près de 400 membres répartis en une vingtaine de pays. Par leur diversité (laïcs, religieux, diacres, prêtres, évêques), elle est signe du Peuple de Dieu en marche vers l'Unité. Les membres de la Fraternité cherchent à mieux connaître leurs racines juives, "le lien qui relie spirituellement" juifs et chrétiens, et s'engagent à oeuvrer pour l'Unité des chrétiens par la prière, dans la charité et la vérité évangéliques.

La prière de la Fraternité "Tu es vivant, Seigneur, Dieu d'Israël, devant qui je me tiens", chantée chaque jour, les unit spirituellement là où ils se trouvent. Des pèlerinages œcuméniques, des rencontres locales permettent d'approfondir la connaissance mutuelle. Quelques-uns sont engagés davantage comme "disciple" ou "oblat". Les deux moments privilégiés de la rencontre de ses membres au monastère sont la Semaine de prières pour l'Unité des chrétiens en janvier et la fête du Prophète Élie le 20 juillet.

Le bulletin de liaison de la Fraternité, Mikhtav (3 numéros par an), tire son nom du livre des Chroniques (2 Ch 21,22) : le prophète Élie envoya au roi Yoram un écrit, mikhtav en hébreu. Il peut être envoyé, sur abonnement, à toute personne intéressée par l'œcuménisme.